Ainda outra faceta substancial de Um Curso em Milagres é a sua base metafísica. O programa oferece uma visão dualista da realidade, única envolvendo a confiança, que apresenta divórcio, preocupação e ilusões, e o Sagrado Coração, que simboliza a alegria, a realidade e a orientação espiritual. Mostra que o orgulho é a origem da resistência e do conflito, enquanto a Natureza Sagrada oferece um caminho para a terapêutica e o despertar. O objetivo do programa é ajudar muito as pessoas a superar a percepção confinada do ego e a alinhar-se com a orientação do Espírito Sagrado.

Um Programa em Maravilhas também apresenta o pensamento de maravilhas, que são entendidas como mudanças de compreensão que podem advir de um acolhimento para o gozo e o perdão. Maravilhas, nesta situação, não são atividades sobrenaturais, mas alternativamente atividades onde as pessoas veem a realidade de alguém além de seu orgulho e limitações. Estas atividades podem ser igualmente pessoais e sociais, à medida que as pessoas passam a compreender o seu caráter divino e o caráter celestial dos outros. Maravilhas são consideradas o resultado normal do exercício dos ensinamentos do curso.

O programa investiga ainda mais o caráter do eu, propondo que o verdadeiro lar não é a confiança, um curso em milagres  mas a qualidade celestial interior que está além das ilusões do ego. Isso implica que o ego é um eu falso que os indivíduos criaram com base na preocupação e no divórcio, enquanto o eu real está permanentemente ligado ao divino e a toda ou parte da criação. Portanto, Um Curso em Maravilhas mostra que nosso objetivo final é lembrar e reconhecer nosso eu correto, permitindo-nos livrar-nos das ilusões e medos do ego.

A linguagem e a terminologia utilizadas em A Class in Wonders tendem a ser profundamente religiosas e metafísicas. O texto do curso pode ser difícil de interpretar e compreender, o que levou a inúmeras interpretações e comentários por parte de estudiosos e profissionais ao longo dos anos. Ele oferece palavras como, por exemplo, “o Instante Santo”, “a Expiação” e “o Filho de Deus”, que podem exigir consideração e estudo cuidadosos para serem conhecidas plenamente. Alguns indivíduos descobrem que a linguagem do texto se torna um amortecedor, enquanto outros percebem isso como uma forma de transcender o pensamento normal e explorar níveis mais elevados de consciência.